W czasie II wojny światowej Młyńczyska, podobnie jak Łukowica, Przyszowa, Świdnik i inne miejscowości stanowiły miejsce działalności BCh i ZWZ-AK. W 1940 r. pierwszą komórkę ZWZ na tym terenie utworzył ppor. Roman Żuk-Skarszewski, uczestnik walk we wrześniu 1939 r. Zwolniony przez Niemców z obozu jenieckiego powrócił do Przyszowej z czasem wchodząc w struktury limanowskiego Obwodu ZWZ. Domy Kroczków, dwór Jadwigi Aleksander, szkoła w Krasnem Potockiem oraz dwór Żuk-Skarszewskich stały się zalążkami przyszowskiej konspiracji. Jej założyciel, pomimo aresztowania jesienią 1942 r., za wstawiennictwem rodziny wyszedł na wolność w marcu 1943 r. W szeregach AK szkolił żołnierzy lokalnej placówki. Zmarł tragicznie w wyniku zatrucia spalinami w czasie młocki w sierpniu 1944 r. Drugim ośrodkiem konspiracji w rejonie Łukowicy i Przyszowej była komórka, którą założył w latach ppor. Julian Dutka „Jaworz”, „Krzemień” w 1940-1941,. Początkowo placówka ZWZ „Ryś” Łukowica została utworzona w Świdniku. Po wsypach, w maju 1941 r. „Jaworz” przeniósł się do Młyńczysk, zmieniając kryptonim placówki na „Smrek”. Po wsypie i częściowym rozpadzie Obwodu ZWZ Limanowa, „Jaworz”, za namową dra Adama Mamaka „Sowal”, przystąpił do BCh. W ciągu kilku miesięcy utworzono dwa plutony partyzanckie. Siecią łączności i sprawami sanitarnymi zajmowała się Helena Seidlerówna „Elen”. Wkrótce, w wyniku odbudowy struktur AK na Ziemi Limanowskiej wiosną 1943 r., doszło do scalenia AK z BCh. Ppor. „Jaworz” został zastępcą komendanta Obwodu AK Limanowa. W latach 1943-1945, placówką AK „Kłos” Łukowica dowodzili: ppor. Władysław Wietrzny „Dęboróg” oraz pchor. Bolesław Mężyk „Mirek”. W okresie okupacji na terenie Młyńczysk z rąk hitlerowców zginęli: Jan Kurzeja, Jóżef Smaga oraz Józef Wilk. 12 stycznia 1945 r. w Wysokiem partyzanci stoczyli potyczkę z Niemcami, w wyniku której zginął Jan Nosko „Kaczorowski”, Poległy spoczął na cmentarzu parafialnym w Młyńczyskach. Po wojnie ustawiono pomnik-kapliczkę z krzyżem i wizerunkiem Chrystusa. Obiekt poświęcono poległym w latach wojny 1939-1945. Pomnik znajduje się przy drodze powiatowej w Młyńczyskach obok skrętu drogi dojazdowej do cmentarza.
Zdjęcie główne: Młyńczyska – pomnik 1939-1945., Fot. J. Wolski